Την 1.10.1997 δημοσιεύεται στο υπ΄αριθμ.289 Τ.Α΄/1.10.1997 ΦΕΚ η ίδρυση νέας σχολικής μονάδας στο Ρέθυμνο, στην περιοχή του Μασταμπά, προκειμένου να αποσυμφορηθεί το 2^ο Δημοτικό Σχολείο Ρεθύμνου, το οποίο ουσιαστικά διχοτομήθηκε σε 2^ο Δημοτικό και σε 13^ο Δημοτικό Σχολείο.

Το νεοϊδρυθέν σχολείο αρχικά στεγάστηκε στη νέα πτέρυγα του 2^ου Δημοτικού Σχολείου, όταν λειτούργησε για πρώτη φορά, το σχολικό έτος 1977-1978. Διευθυντής του Σχολείου την πρώτη περίοδο ήταν ο Νίκος Νινιδάκης.

Λόγω όμως της μεγάλης αύξησης του μαθητικού το σχολείο του Μασταμπά από το σχολικό έτος 1978-1979 έως και το σχολικό έτος 1986-1987, στεγάσθηκε στο ισόγειο της οικοδομής του Νικολάου Τσουδερού, που βρίσκεται σε πάροδο της οδού Φαιστού στο Μασταμπά.

Κατά την περίοδο αυτή, διετέλεσαν διευθυντές του 13^ου Δημοτικού Σχολείου οι παρακάτω αναφερόμενοι: Αριστείδης Λαινάκης (1978-1979), Κωνσταντίνος Φραγκάκης (1979-1982), Μαρία Φραϊδάκη (1982-1984), Ζαφ. Γιαννικάκη (1984-1985), Νικόλαος Τυροκομάκης (1985-1989).

Από το 1987-1988 έως και σήμερα, το 13^ο Δημοτικό Σχολείο στεγάζεται πια οριστικά στο νεόδμητο κτήριο μαζί με το 7^ο Νηπιαγωγείο. Το κτήριο στεγάσθηκε από τον αρχιτέκτονα Ιωάννη Καλιγέρη με βιοκλιματικές προδιαγραφές και είναι αδελφό κτήριο με αυτό του 7^ου Δημοτικού Σχολείου Ρεθύμνης. Στον αρχικό σχεδιασμό του όμως δεν διέθετε αύλειο χώρο και μόλις το 2008 ο Δήμος Ρεθύμνου αγόρασε από τη χήρα Ιωάννη Λεντζάκη και τον Γεώργιο Ι. Λεντζάκη ένα όμορο του σχολείου οικόπεδο και το ενοποίησε με το ήδη υπάρχον οικόπεδο του σχολείου προκειμένου να αποκτήσει το 13^ο Δημοτικό Σχολείο αυλή για τους μαθητές του.